Berdirinya
Fakultas Filsafat merupakan hasil kerja sama berbagai pihak terutama pimpinan
gereja dan pihak pemerintah. Para Uskup se - Nusa Tenggara dan para pimpinan
SVD se-Indonesia, dalam rapatnya di Ritapiret tanggal 28 Januari 1988 dengan SK No.1/1988/Nusra, telah
menetapkan tentang pembukaan Fakultas Filsafat Universitas Katolik Widya
Mandira Kupang. Dalam keputusan tersebut ditetapkan dua hal penting. Pertama,
memohon kesediaan Yapenkar untuk membuka Fakultas Flsafat Agama pada Unika
Widya Mandira Kupang. Kedua, menghimbau Yapenkar mengambil langkah -langkah
yang perlu dalam kerja sama dengan pimpinan Universitas Katolik Widya Mandira Kupang, untuk
mewujudkan keputusan yang telah dletapkan. Surat keputusan tersebut
ditandatangani oleh Uskup Agung Ende Mgr. Donatus Djagom,SVD, ketika itu
mengatasnamai para Uskup se - Nusra dan Provincial.
Selanjutnya
Uskup Agung Kupang Mgr. Gregorius Monteiro,SVD (Almarhum) atas nama para Uskup
NUSRA, tahjun 1989 dalam suratnya No 19059/Koe/ll/1989 menyampaikan keinginan
para uskup dan provincial SVD se- Indonesia tersebut kepada pihak Propaganda Fide
di Roma dan sekallgus meminta persetujuannya. (Cardinal J. Tomko sebagai Prefek
Kongregasi Penyebaran Iman dalam suratnya tertanggal 21 Maret 1989 kepada Mgr. Gregorius
Monteiro.SVD memberikan persetujuan
atas pembukaan Seminari Tinggi St. Mikhael di Kupang, yang dalam urasan
akademik menurut sistim Pendidikan Tinggi di Indonesia bergabung dengan UNWIRA
sebagai Fakultas Filsafat. Selanjutnya pada tahun 1990 dibuka Tahun Qrientasi
Rohani (TOR) Lo'o Damian Atambua, sebagai persiapan untuk Seminari Tinggi di
Kupang. Tanggal 15 Agustus 1991 Seminari Tinggi St. Mikhael diresmikan dengan Rm.Alo Pendito Keranz.Pr
sebagai Preses.
Sementara
itu urusan - urusan menyangkut izin pemerintah terus dilanjutkan. Akhirnya
Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia pada tahun 1993 dengan SK. No.06/D/1993,
memberikan Status Terdaftar kepada Fakultas Filsafat Agama. Program Studi Filsafat
Agama Katolik untuk jenjang S-1 di
lingkungan Universitas Katolik Widya Mandira Kupang. Sejak saat iniiah secara
yuridis mulai berdiri Fakultas Filsafat Agama Unwira, dengan Rm.Dr.Alo Pendito
Keranz,Pr sebagai Dekan.